Knuckles vive en Angel Island, también llamada Isla Flotante, por flotar en el cielo gracias al poder de la Master Emerald, que se encarga de cuidar. Es el último superviviente de una población de equidnas que habitó alguna vez la isla (aunque se sabe que hay más equidnas en otras partes del planeta Mobius). Knuckles es el Guardián de la Master Emerald (Esmeralda Maestra, Esmeralda Principal, Gran Esmeralda o Esmeralda Madre), destino que ha pasado en su familia durante generaciones. Los Guardianes existen para que la Master Emerald no caiga en manos equivocadas, ya que, si eso sucediera, el mundo estaría en peligro. Esto significa que los Guardianes, en cierta forma, existen para mantener la armonía del Universo.

Knuckles apareció por primera vez en el juego Sonic the Hedgehog 3 para Sega Megadrive, donde creía que Sonic y Tails intentaban robar la Master Emerald y que el Doctor Robotnik intentaba evitarlo. Robotnik, por supuesto, le había mentido y planeaba usar la joya para impulsar su estación espacial, el Death Egg. En Hidden Palace Zone (en el juego Sonic & Knuckles) le fue revelada la traición de Robotnik de forma brusca: con una electrocución. Se unió entonces a Sonic y Tails para intentar detener a Robotnik.

Knuckles ha sido desde entonces un amigo, (y a veces rival) de Sonic y Tails, compartiendo muchas de sus aventuras, siendo engañado por Robotnik, y llamando la atención de una murciélago blanca llamada Rouge, que intenta robarle también la Master Emerald (Sonic Adventure 2).